જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસીસ ક્યાં તો આડી અથવા ઊભી અભિગમમાં હાથ ધરવામાં આવી શકે છે. વર્ટિકલ જેલ્સ સામાન્ય રીતે એક્રેલામાઇડ મેટ્રિક્સથી બનેલા હોય છે. આ જેલના છિદ્રોના કદ રાસાયણિક ઘટકોની સાંદ્રતા પર આધાર રાખે છે: એગેરોઝ જેલ છિદ્રો (100 થી 500 એનએમ વ્યાસ) એક્રેલામાઇડ જેલપોર્સ (10 થી 200 એનએમ વ્યાસ) ની તુલનામાં મોટા અને ઓછા સમાન હોય છે. તુલનાત્મક રીતે, ડીએનએ અને આરએનએ પરમાણુઓ પ્રોટીનના રેખીય સ્ટ્રેન્ડ કરતા મોટા હોય છે, જે ઘણીવાર પહેલા અથવા આ પ્રક્રિયા દરમિયાન વિકૃત થઈ જાય છે, જેનું વિશ્લેષણ કરવાનું સરળ બનાવે છે. આમ, પ્રોટીન એક્રેલામાઇડ જેલ્સ પર ચલાવવામાં આવે છે (ઊભી). તે અમારા ખાસ ડિઝાઇન કરેલ જેલ કાસ્ટિંગ ઉપકરણ સાથે મૂળ સ્થિતિમાં જેલ્સને કાસ્ટ કરવાનું કાર્ય ધરાવે છે.
